La cappella del Corpus Christi, conosciuta come Cappella Mozarabica, fu destinata nel 1504 dal Cardinale Cisneros alla celebrazione del culto con il rito Ispanico Mozarabico che con difficoltà avevano conservato i Mozarabici (cristiani in terra mussulmana) e che, dalla riconquista della città nel 1085, solamente veniva celebrato a Toledo. Qui si trovava l’antica sala capitolare della quale si conserva solamente un cielo stellato scoperto recentemente. I progetti della cappella sono dell’insigne architetto Enrique Egas e i suoi lavori durarono dal 1502 al 1510, ma nel 1622 a causa dell’incendio della lanterna dovette essere ricostruita dal figlio de Il Greco, Jorge Manuel, che la concluse nel 1631. Nella porta d’ingresso troviamo una grata coronata con gli scudi dei Cisneros e dell’operaio canonico Diego López de Alaya, opera di Juan Francés nel 1524. Alle spalle, un trompe-l'œil gotico rappresentante un portale, dipinto da Juan di Borgogna nel 1514 e coronato da una Pietà attribuita a Enrique Egas. All’interno possiamo contemplare gli affreschi murari che commemorano l’assedio e la presa di Orano del Cardinale Cisneros nel 1509 e dipinte da Juan di Borgogna nel 1514. Presiede l’altare un retablo restaurato nel 1791, composto da pitture su tavola di santi e coronato da un crocefisso latinoamericano del 1590, più un mosaico centrale, elaborato nel laboratorio Vaticano e commissionato dal Cardinale Lorenzana, che rappresenta la Vergine con Bambino riprendendo un’incisione di Carlo Maratta. In questa cappella si continua a celebrare quotidianamente il culto con il rito Ispanico Mozarabico.