La Cappella dei Nuovi Re, chiamata così per differenziarla da quella dei Vecchi Re (los Reyes Viejos), che si trova nella Cappella Maggiore, fu costruita tra il 1531 e il 1534 come cappella funeraria della dinastia dei Trastámara, sopra quella che un tempo era la fucina della Cattedrale. Il progetto fu presentato da Covarrubias all’imperatore Carlo V, che la approvò immediatamente. Le grate, sia quella d’ingresso che quella interna, sono state realizzate nel 1532 da Domingo de Céspedes. Nelle mura laterali sono si trovano i sepolcri dei re: sulla destra Enrico II (†1379) e sua moglie Giovanna (†1381). Accanto, alla loro sinistra, Don Enrico III, chiamato “l’Infermo” (†1407), e sua moglie Caterina di Lancaster (†1418). Accanto al Presbiterio, i sepolcri, con statue in preghiera, di Giovanni I e sua moglie Eleonora d’Aragona. Retabli neoclassici in marmo e bronzo ideati da Ventura Rodriguez nel 1772 con dipinti di Mariano Salvador Maella sono disposti per tutta la cappella. Il retablo maggiore è del 1805, pagato da Carlo IV con una tela di Maella. Due organi realizzati uno nel 1654 e l’altro nel 1721 completano questa splendida cappella.