La Chapelle du Corpus Christi, connue comme la Chapelle Mozarabe, fut destinée en 1504 par le Cardinal Cisneros, à célébrer le culte rite Hispano Mozarabe qu’avec difficulté avaient réussi à conserver les mozarabes (chrétiens en territoire de l’islam) et que depuis la reconquête de la ville en 1085, ne se célébrait plus qu’à Tolède. À sa place se trouvait l’ancienne salle capitulaire de laquelle ne se conserve qu’un ciel étoilé découvert récemment. Les plans sont du fameux architecte Enrique Egas et les oeuvres durèrent depuis 1502 à 1510, mais en 1622 après un incendie elle dut être reconstruite par le fils du Greco, Jorge Manuel, et finalisée en 1631. À la porte d’entrée se trouve une grille travaillée par Juan Francés en 1524, couronnée par les armoiries de Cisneros et du prélat ouvrier Diego López de Ayala. Derrière, un trompe-l’oeil gothique en forme de portail, peint par Juan de Borgoña en 1514 surmonté par une Piété attribuée à Enrique Egas. À l’intérieur on peut contempler les peintures murales qui commémorent le Siège et la prise d’Oran par le Cardinal Cisneros en 1509 peintes par Juan de Borgoña en 1514. Un retable réformé préside l’autel composé par des tableaux de Saints et couronné par un crucifix ibero americain de 1590, et en plus une mosaïque centrale, élaborée dans les ateliers du Vatican et commandée par le Cardinal Lorenzana, représentant la Vierge et l’Enfant selon une gravure de Carlos Maratta. Dans cette chapelle se célèbre journellement le culte en rite Hispano Mozarabe.
