La capilla del Corpus Christi, conocida por Capilla Mozárabe, fue destinada en 1504 por el cardenal Cisneros para que en ella se celebrase el culto en rito Hispano Mozárabe que con dificultades habían conservado los mozárabes (cristianos en territorio islámico) y que desde la reconquista de la ciudad en 1085, solo se celebraba en Toledo. Aquí se encontraba la antigua sala capitular de la que solo se conserva un cielo estrellado recientemente descubierto. Las trazas de la capilla son del insigne arquitecto Enrique Egas y sus obras duraron desde 1502 hasta 1510, pero en 1622 al incendiarse la linterna tuvo que ser reconstruida por el hijo de El Greco Jorge Manuel, siendo finalizadas en 1631. En la puerta de entrada se encuentra una reja labrada por Juan Francés en 1524, coronada por los escudos de Cisneros y del canónigo obrero Diego López de Ayala. Detrás, un trampantojo gótico en forma de portada, pintado por Juan de Borgoña en 1514 y coronado por una Piedad atribuida a Enrique Egas. En su interior podemos contemplar las pinturas murales que conmemoran el Sitio y la Toma de Orán por el Cardenal Cisneros en 1509 y pintadas por Juan de Borgoña en 1514. Preside el altar un retablo reformado en 1791, compuesto por tablas de santos y coronado por un crucifijo iberoamericano de 1590, más un mosaico central, elaborado en el taller Vaticano y encargado por el cardenal Lorenzana, que representa la Virgen y el Niño siguiendo un grabado de Carlo Maratta. En esta capilla se sigue celebrando diariamente el culto en rito Hispano Mozárabe.
