Der Kapitelsaal wurde auf Veranlassung von Kardinal Cisneros als Ersatz für der alter Kapitelsaal erbaut, der sich in der Mozaragischer-Kapelle befand. Er besteht aus 2 Räumen: einem Vorzimmer und dem eigentlichen Kapitelraum.
Der Vorraum wurde von Enrique Egas und Pedro Gumiel zwischen 1504 und 1512 erschaffen mit einem von Copín von Niederlande geschnitzten Portal. Das Innere ist im so genannten Stile „Cisneros“ erbaut, einer Kombination des gotischen Flamboyant-Stils mit dem späten Mudejár-Stil. Die Seiten des rechteckigen Raumes werden von Einbauschränken eingefasst, in denen Akten archiviert werden. Die Schränke auf der linken Seite wurden auf Veranlassung von Kardinal Silíceo zwischen 1549 und 1551 von Gregorio Pardo geschnitzt, die gegenüberliegenden Schnitzereien sind Kopien von 1780, ausgeführt von Gregorio López. Die Wandmalereien der Friese mit pflanzlichen Verzierungen wurden 1511 von Luis Medina, Diego López und Alonso Sánchez nach Entwürfen von Juan de Borgoña ausgeführt. Das Eingangsportal zum Kapitelraum zeigt Ornamente aus Stuck im Mudéjar-Stil.
Den Kapitelraum prägt die goldüberzogene, bunte Kassettendecke. Der obere Teil der Wände ist mit Ölbildern auf Putz ausgestattet, die Szenen aus dem Leben der Jungfrau Maria und aus dem Leidensweg Christi darstellen. Sie sind getrennt durch bemalte Blendsäulen von Juan de Borgoña. Unterhalb der Ölbilder befinden sich einige Porträts Toledaner Erzbischöfen. Die obere Reihe bis zum Porträt von Cisneros wurden von Juan de Borgoña selbst gemalt. Die untere Reihe wurden von anderen herausragenden Malern dieser Epoche geschaffen. Der Thron des Erzbischofs ist ein Werk von Copín von Niederlande von 1509.
