Der Altar Transparent galt in seiner Zeit als das Glanzstück des spanischen Barocks. Er ist in die Rückseite des Hauptaltars integriert, aus spanischem und genuesischem Marmor gefertigt und stellt die Vergöttlichung des heiligen Sakraments der Eucharistie dar. In der Mitte des Altarwerks gibt es ein ovales Fenster, das Dank des Durchbruchs im Gewölbe an der Stelle, wo die Glorie mit allen wichtigen Heiligen dargestellt ist, Licht auf den von Engeln umgebenen Schrein wirft. Dieses großartige Werk von Narciso Tomé aus dem Jahre 1732 wurde von Erzbischof Diego de Astorga gespendet, der vor seinem Altar begraben liegt.
Der erste Teil des Altarwerks wird durch eine Skulptur geprägt, die die Jungfrau mit dem Jesuskind darstellt, ergänzt durch Reliefs von David und Ajimelec und dem Aufeinandertreffen von Abigail und David. Hier befindet sich die Signatur des Künstlers. Der zweite Teil wird bestimmt durch die Skulpturen der Heiligen Leocadia und der Heiligen Casilla, und über ihnen das Letzte Abendmahl, weiter oben der Heilige Eugenio, der Heilige Ildephons. Gekrönt wird der Altar durch die drei theologischen Tugenden, die bereits 1677 geschnitzt wurden.
