Die Fronleichnams-Kapelle, bekannt als Mozaragische-Kapelle, wurde 1504 auf Anordnung von Kardinal Cisneros errichtet, damit hier die Liturgie im mozarabischen Ritus gefeiert werden konnte. Diese Liturgie hatten die Mudéjar (Christen im islamischen Territorium) unter Schwierigkeiten beibehalten, sie wurde seit der Wiedereroberung der Stadt 1085 lediglich in Toledo gefeiert. Bis heute wird in dieser Kapelle noch täglich der mozarabische Ritus zelebriert.
An dem Ort der heutigen Mózarabe-Kapelle befand sich der alte Kapitelsaal, von dem nur der vor kurzem entdeckten Baldachin mit Sternen erhalten ist. Die Kapelle wurde nach einem Entwurf von Enrique Egas von 1502 bis 1510 erbaut. Als 1622 die Kuppel ausbrannte, wurde sie vom Sohn El Grecos, Jorge Manuel, wieder aufgebaut und bis 1631 fertiggestellt. Am Eingangstor befindet sich ein geschnitztes Gitter von Juan Francés aus dem Jahre 1524, gekrönt von den Wappen der Cisneros und dem des Domherrn Diego López de Ayala. Im Hintergrund befindet sich ein illusionistisches Gemälde in Form eines Portals, gemalt 1514 von Juan de Borgoña, gekrönt von einer Pietà, die Enrique Egas zugeschrieben wird. Im Inneren kann man Wandmalereien betrachten, die die Belagerung und die Eroberung von Orán durch Kardinal Cisneros 1509 darstellen, sowie ein Mosaik in der Mitte, das die Jungfrau Maria mit Jesus Christus auf Grundlage eines Kupferstich von Carlo Maratta darstellt, hergestellt in der Werkstatt des Vatikans und vom Kadinal Lorenzana beauftragt.
