Die Kapelle der Neuen Könige wurde so genannt, um sie von der Kapelle der Alten Könige, die sich in der Hauptkapelle befindet, zu unterscheiden. Sie wurde zwischen 1531 und 1534 als Begräbniskapelle der Trastámara-Dynastie an der Stelle erbaut, wo sich früher die Schmiede des Domes befand. Der Entwurf wurde von Covarrubias dem Kaiser Karl V. vorgestellt, der ihm sofort zustimmte. Die Gitter, sowohl das am Eingang als auch das innenliegende, wurden 1532 von Domingo de Céspedes geschaffen. An den Seitenwänden befinden sich zur rechten Seite die Gräber der Könige Heinrich II. († 1379) und seiner Ehefrau Juana († 1381) und in der Nähe, zur linken, die der Könige Heinrich III. († 1407) „el Doliente“ genannt und seiner Frau Katharina von Lancaster († 1418). Neben dem Altarraum befindet sich die Grabstätte von Johann I. und seiner Frau Leonor von Aragón mit betenden Statuen. Entlang der Kapelle befinden sich neo-klassizistische Altarwerke aus Marmor und Bronze, umrahmt von Werken von Ventura Rodríguez aus dem Jahre 1772 und Malereien von Maella. Der Hauptaltar ist 1805 auf Veranlassung von Karl IV. entstanden, mit einem Ölge-mälde, ebenfalls von Maella. Vervollständigt wird die Kapelle von zwei Orgeln aus den Jahren 1654 und 1721.
